สำนักวิชาเทคโนโลยีดิจิทัลประยุกต์เป็นหนึ่งในสองสำนักวิชาที่ก่อตั้งมาพร้อมกับมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เมื่อ พ.ศ. 2541 โดยได้เปิดการสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ เป็นหลักสูตรแรกใน ปีการศึกษา 2542 และมีบัณฑิตรุ่นแรกใน ปีการศึกษา 2545 ต่อมาสำนักวิชาได้เปิดหลักสูตรระดับปริญญาตรีและบัณฑิตศึกษาอย่างต่อเนื่องเป็นลำดับ ดังนี้

• ปีการศึกษา 2542 
  • เปิดการสอนหลักสูตรปริญญาตรี 1 หลักสูตร
    • วิทยาศาตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ
• ปีการศึกษา 2543 
  • เปิดการสอนหลักสูตรปริญญาตรี 1 หลักสูตร
    • วิทยาศาตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์ และต่อมาได้เปลี่ยนชื่อสาขาวิชาเป็น สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์และนวัตกรรม
• ปีการศึกษา 2545 
  • เปิดการสอนหลักสูตรปริญญาตรี 2 หลักสูตร
    • วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต  สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์
    • วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต  สาขาวิชาวิศวกรรมการสื่อสารและสารสนเทศ
• ปีการศึกษา 2548
  •   เปิดการสอนหลักสูตรปริญญาตรี 2 หลักสูตร
    • วิทยาศาตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศกรรมซอฟต์แวร์
    • วิทยาศาตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีมัลติมีเดียและการสร้างภาพเคลื่อนไหว
• ปีการศึกษา 2550
  •  เปิดการสอนหลักสูตรบัณฑิตศึกษา 1 หลักสูตร
    • วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต  สาขาวิชาการจัดการเทคโนโลยีสารสนเทศเชิงกลยุทธ์ และต่อมาได้เปลี่ยนชื่อสาขาวิชาเป็น สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ
• ปีการศึกษา 2553
  •  เปิดการสอนหลักสูตรบัณฑิตศึกษา 1 หลักสูตร
    • วิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์
• ปีการศึกษา 2556
  • เปิดการสอนหลักสูตรบัณฑิตศึกษา 1 หลักสูตร
    • ปรัชญาดุษฏีบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์
• ปีการศึกษา 2563
  • ปิดการสอนหลักสูตรปริญญาตรี 1 หลักสูตร
    • วิทยาศาตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์และนวัตกรรม
  • ปรับปรุงการสอนหลักสูตรปริญญาตรี 1 หลักสูตร
    • วิทยาศาตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ โดยได้เปลี่ยนชื่อสาขาวิชาใหม่เป็น สาขาวิชาเทคโนโลยีดิจิทัลเพื่อนวัตกรรมทางธุรกิจ
• ปีการศึกษา 2564
  • ปรับปรุงการสอนหลักสูตรปริญญาตรี 1 หลักสูตร
    • วิทยาศาตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมซอฟต์แวร์ โดยได้เปลี่ยนคุณวุฒิหลักสูตรใหม่เป็น วิศวกรรมศาตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมซอฟต์แวร์
• ปีการศึกษา 2565
  • ปรับปรุงการสอนหลักสูตรปริญญาตรี 1 หลักสูตร
    • วิศวกรรมศาตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมการสื่อสารและสารสนเทศ โดยได้เปลี่ยนชื่อสาขาวิชาใหม่เป็น สาขาวิชาวิศวกรรมดิจิทัลและการสื่อสาร
  • ปรับปรุงการสอนหลักสูตรบัณฑิตศึกษา 1 หลักสูตร
    • วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ โดยได้เปลี่ยนชื่อสาขาวิชาใหม่เป็น สาขาวิชาเทคโนโลยีการแปลงเป็นดิจิทัล
• ปีการศึกษา 2567
  • เปลี่ยนแปลงชื่อสำนักวิชาให้มีความทันสมัย จากเดิมชื่อ สำนักวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ เป็น สำนักวิชาเทคโนโลยีดิจิทัลประยุกต์

ปัจจุบัน สำนักวิชาเทคโนโลยีดิจิทัลประยุกต์มีการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรี 5 หลักสูตร ระดับปริญญาโท 2 หลักสูตร และ ระดับปริญญาเอก 1 หลักสูตร รวมทั้งสิ้น 8 หลักสูตร มีบัณฑิตออกสู่สังคมแล้ว 25 รุ่น อีกทั้งคณาจารย์และนักศึกษาทั้งระดับปริญญาตรีและบัณฑิตศึกษาได้เผยแพร่ผลงานวิจัยและงานสร้างสรรค์ที่เป็นประโยชน์ทั้งในระดับชาติและระดับนานาชาติ ตลอดจนได้ให้บริการวิชาการ และทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมของภูมิภาคตลอดมา